GitLab

Projet de Bioinformatique appliqué à la pharmacogénétique

Pour partager des fichiers de config Docker ou conda par ex., permettant de simplifier les installations des outils ?

Echanges entre utilisateurs de CNVkit et personnes désirant le mettre en place localement

STARK Modules & Services

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STARK repository for sources (tools...)

CAP (Clipping Amplicon Primer) coupe les primers en identifiant l’amplicon le plus probable pour chaque read. Ces séquences synthétiques mimiques éliminées réduit le bruit de séquençage ainsi que les erreurs de calcul de la fréquence allélique

RNAseq pipeline for alternative splicing junctions

Splicing Prediction Pipeline

small tool to help analysing HOMER ChIP-Seq results by doing several tables and graphic. It also intersects peaks between the different samples to give them a common tag for better comparisons

VISION - VCF Viewer and Prioritization [JARVIS module]

Test command-line applications through .should files

Dummy project to test continuous integration and deployment with gitlab-runner, docker and jwilder/nginx-proxy

HOWARD est un outil d'annotation et de priorisation des variants. Il utilise les outils ANNOVAR et SNPEff et leurs bases de donnees associees, tout en acceptant les bases de donnees a facon.

FATBAM coupe les primers en identifiant l’amplicon le plus probable pour chaque read. Cela permet d’éliminer ces séquences synthétiques mimiques afin d’éviter le bruit de séquençage ainsi que les erreurs de calcul de la fréquence allélique

Projet STARK

Base de données et API django pour le stockage des variations génétiques et de leurs annotations, propose des urls pour la création de requêtes personalisées de filtration et d'affichage des variations

Outil en ligne de commande pour l'analyse qualité des données issus des pipelines d'analyse NGS. PyQua est aussi un outil de mis en forme des données vers des supports lisibles tel que les graphiques R et les rapports PDF.